Terhitung sejak 10 Maret 2009, seluruh fisik bangunan dan sarana penunjangnya serta pengelolaan Terminal Penumpang Tipe A di Giwangan sudah beralih kepada Pemerintah Kota Yogyakarta. Pengambilalihan pengelolaan terminal tersebut ditandai dengan penandatanganan Akta Notaris Pembatalan Akta Perjanjian Kerjasama Nomor 02 Tahun 2002 tertanggal 9 September 2002 dan Akta Perubahan Nomor 37 Tahun 2004 tanggal 26 Juni 2009 telah dilaksanakan di Ruang Utama Bawah Balaikota Timoho pada pukul 13.25 WIB Selasa (10/3).

            Hadir pada kesempatan tersebut Walikota Yogyakarta H. Herry Zudianto sebagai Pihak Pertama dan Direktur Utama PT Perwita Karya Frananto Hidayat selaku Pihak Kedua, serta Ketua DPRD Kota Yogyakarta dan Tri Agus Heryono, SH selaku Notaris yang ditunjuk. Turut mendampingi terlihat beberapa kepala instansi di jajaran Pemerintah Kota Yogyakarta dan jajaran manajemen PT Perwita Karya.

            Walikota Yogyakarta Herry Zudianto dan Dirut PT Perwita Karya Frananto Hidayat secara bersama-sama menandatangani satu Akta Pembatalan Perjanjian Kerjasama serta 5 Berita Acara yang terdiri atas Berita Acara Kesepahaman Penyelesaian Hak dan Kewajiban setelah Penilaian Hasil oleh Tim Independen (Appraisal), Berita Acara Serah Terima Fisik Bangunan dan Sarana Penunjang serta Pengelolaan Terminal Penumpang Yogyakarta, Berita Acara Kesepahaman Hak dan Kewajiban sebagai Konsekuensi Atas Pengelolaan/Opreasional Terminal Penumpang Tipe A di Giwangan Yogyakarta, Berita Acara Kesepahaman Berkaitan dengan Tenaga Kerja dalam Pengelolaan Terminal Giwangan setelah Adanya Akta Pembatalan Sepihak, serta Berita Acara Kesepahaman Berkaitan Penyelesaian Perikatan dengan Pihak Ketiga dalam Penggunaan/Pengelolaan Area Komersial.

            Untuk selanjutnya Pemerintah Kota Yogyakarta bersama-sama dengan PT Perwita Karya menunjuk Tim Independen (Appraisal) untuk mengadakan perhitungan berdasar nilai pasar atau ekonomis dari bangunan yang telah dikerjakan oleh PT Perwita Karya dengan mekanisme yang telah disepakati bersama atas biaya dari kedua belah pihak.

            Menurut Kepala Bappeda Kota Yogyakarta Ir. Aman Yuriadijaya, MM, pengelolaan Terminal Giwangan untuk selanjutnya akan dilaksanakan oleh Tim Pengelola yang dikoordinasikan oleh Ir. Widorisnomo, Staf Ahli Walikota, yang akan bekerja sampai dengan selesainya ketugasan Tim Independen dalam melakukan appraisal aset terminal yang diperkirakan selesai bulan Juli 2009 mendatang, dan sampai terbentuknya kelembagaan baru yang akan mengelola terminal Giwangan secara resmi.